Lê Niệm được lập đền thờ tại xã Yên Mạc, Yên Mô, Ninh Bình, được xếp hạng di tích quốc gia. Đối với dân vùng Yên Mô - Ninh Bình, trong thời gian đóng quân ở làng Thiên Trì, ông đã chỉ huy đắp đê Hồng Đức bao quanh tổng Thổ Mật và Yên Mô (Thuộc các làng Yên Mô Thượng, Thiên trì, Yên Mô Càn, Côi Trì... Ông được Lê Thánh Tông phong chức Thái phó và cấp 200 mấu ruộng ở làng Thiên Trì (nay là làng Phượng Trì) ở chân núi Voi. Sau khi đắp đê Hồng Đức, phía trong đê là cách đồng bằng phẳng, phì nhiêu bát ngát. Nhân dân Thiên Trì nhớ công ơn to lớn của ông đã tôn ông làm Thành hoàng làng.